內部審計是海關總署對海關AEO認證企業的硬性要求之一，分為進出口經營活動內部審計和持續性符合內部審計，認證標準中明確表示，認證企業應每年至少進行一次進出口經營活動內部審計，已經成為認證企業的自成為認證企業或最近一次重新認證后，每一年做一次持續性符合內部審計。